日本では色々な形に加工され、利用されている。モヤシ、枝豆、完熟したら大豆となる。
大豆油、きな粉、醤油・味噌、納豆。豆乳、おから、湯葉、豆腐、油揚げ、厚揚げ、焼き豆腐、湯豆腐、凍み(高野)豆腐。
大豆にはサポニン等水溶性の低分子化合物やタンパク質性のプロテアーゼ・インヒビターやアミラーゼ・インヒビターやレクチンなどの有毒成分が含まれており、これらの加工には有毒成分の除去や解毒の意味もある。
和菓子や中華菓子の重要な原料の一つ。
餡(あん)にして、饅頭、最中、どら焼き、あんパンなどの中に入れる。
羊羹(ようかん),汁粉、ぜんざい、かき氷やアイスキャンディーの原料にも使用される。
古くは赤米で炊いたご飯が赤飯であったが、現在はもち米に少量の白米とアズキを混ぜて炊いたものが、一部地域を除いて、最も一般的な赤飯となっており、お目出たい行事の際の食事として普及している
サポニンによる鎮咳作用やタンパク質、ミネラルの作用を利用した薬膳にも欠かせない素材のひとつである。
緑色の色彩が鮮やかなため、サラダ、シュウマイ、和え物、炒め物、炊き込みご飯などに用いられる。
アオエンドウの熟したものを収穫し、それを甘く煮詰めたものはうぐいす豆と呼ばれる。
そのままで食べても十分においしいが、和菓子の材料としたり、パンや蒸しパンに入れたりすることがある。
たんぱく質が豊富で、さまざまな料理につかわれる。
アオエンドウは煎り豆、煮豆、餡(鶯餡)などに加工され、アカエンドウはみつまめやゆで豆として利用される。ヨーロッパでは煮込んでスープなどとして利用されてきた。
2004年には、サッポロビールによりエンドウのタンパクを用いた第三のビールが開発され、新たな食品を生み出す素材として注目を浴びた。
若いさやを食べる軟莢種(サヤインゲン)と、成熟した種子を食べる種実用種がある。
サヤインゲンは、塩茹でにして和え物やおひたしにするか、あるいはバター炒めにすることが多い。
成熟した種子は乾燥させて貯蔵し、煮豆・甘納豆・餡などに用いられる。
フランス料理・イタリア料理では白インゲン豆が煮込み料理に好んで使用される。
イナゴマメは地中海東部で古代から食用にされ、古代エジプトでも甘味料として用いられた。
サトウキビが利用される以前は砂糖の原料として最も重要であった。
乾燥させてブラウン色になったら鞘ごと、もしくはすり潰して食用とする。
大豆油(だいずゆ)は、大豆の種子から採取される油脂。最も代表的な植物油で、サラダ油の他マヨネーズやマーガリンの原料などとして広く用いられる。
2010/11年度では大豆油の生産量は世界の油脂生産量中第2位で、アメリカでは植物油消費量の2/3を占めている。
日本国内では、液状植物油消費量の約4割弱を占め、菜種油に次ぐ。
安価で色や匂いが少ないため、天ぷら油やサラダ油に適している。
家庭用の調理油には安定性を高めるため菜種油やコーン油、クエン酸などの酸化防止剤が添加されている。
また、マヨネーズやドレッシングの原料としても用いられる。
マーガリンやショートニングの原料としても重要である。
日本の醤油は独自の発展を経て明治時代の中期に完成を見た。日本の醤油は大豆、小麦、塩を原料とし、麹菌、乳酸菌、酵母による複雑な発酵過程を経て生成され、その過程でアルコールやバニリン等の香気成分による香り、大豆由来のアミノ酸によるうまみ、同じく大豆由来のメチオノールによる消臭作用と、小麦由来の糖による甘みを持つ。なお、醤油の赤褐色の色調は、主にメイラード反応によるものである。
醤油は日本料理の調理で煮物の味付けに使用したり、汁やたれのベースにしたり利用範囲が広い。
また醤油差しに入れられて食卓に供され、料理にかけたり少量を浸す「つけ・かけ」用途にも使われる。
天ぷら、江戸前寿司、蕎麦など、日本の食文化の基本となっている調味料である。
千葉県が主要な産地となっており、ほとんどの場合は濃口醤油が使用されそれが醤油の代表となっている。
主な原料は大豆(戦国時代などは主に糠が原料とされた)で、これに麹や塩を混ぜ合わせ、発酵させることによって大豆のタンパク質が消化しやすく分解され、また旨みの元であるアミノ酸が多量に遊離する。
製造に際しては、麹が増えると甘味が増し、大豆が増えると旨味が増すとされる。
温暖多湿という日本の国土条件の中、職人技により製造されるが、現代的な食品の衛生基準との間で伝統を守りづらくなっている。
非常に種類が豊富であり、その地域、種類により赤味噌、白味噌、合わせ味噌(調合味噌)などと区別される事がある。
味噌とは日本独自のものである。しかしながら大豆を原料としたペースト状の発酵調味料は、東アジア、東南アジアの各地に存在し、その類似性からそれらを含める場合もある(例えば中国の豆板醤、韓国のコチュジャンは、日本ではしばしば「唐辛子味噌」と呼ばれる)。
また食品学、人類学的には、日本の味噌は「醤(ひしお/ジャン)」の中の穀醤(こくしょう)に分類される。